Phần 2 nối tiếp sau các sự kiện về Kobol, bắt giữ nữ tổng thống Laura Roslin và âm mưu ám sát William Adama, hạm đội bắt đầu bị đẩy vào tình cảnh nguy hiểm hơn. Mặc dù họ cũng phát hiện ra Pegasus và New Caprica, thắp lên niềm hy vọng mới nhưng một tương lai phía trước vẫn là điều vô cùng mỏng manh, đội quân Cylon đã bắt đầu xâm nhập sâu hơn...
Đã 40 năm trôi qua kể từ khi 12 thuộc địa trong vũ trụ biết đến sự xuất hiện của loài Cylons, loài robot đã đứng lên gây chiến chống lại chính chủ nhân con người, về sau biến mất. Bỗng giờ đây, loài Cylons quay trở lại và hủy diệt các thuộc địa. Chúng được hỗ trợ bởi loài Cylon biến thể có nhân dạng giống hệt con người. Cuộc tấn công buộc Chỉ huy William Adama triệu tập tàu chiến cũ của mình, tàu Battlestar Galactica. Chẳng mấy chốc nhóm chiến binh vũ trụ chạm trán bọn xâm lăng. Dù họ có nỗ lực hết sức, họ vẫn không thể ngăn chặn các thuộc địa bị tàn phá. Cuối cùng, đoàn Glactica của những người sống sót sau trận chiến phải trốn chạy và đi tìm thuộc địa thứ mười ba, hành tinh có tên Trái Đất...
Hai kẻ lừa đảo người Tây Ban Nha thắng được tấm bản đồ đến thành phố vàng huyền thoại, nhưng mọi chuyện không diễn ra như kế hoạch khi họ đến El Dorado.