Địa điểm lần này được đặt ở vùng biển gần đảo Hachijo-jima, Tokyo. Các kỹ sư từ khắp nơi trên thế giới đã tập hợp để vận hành toàn diện "Phao Thái Bình Dương", một cơ sở ngoài khơi để kết nối các camera an ninh thuộc sở hữu của lực lượng cảnh sát trên toàn thế giới. Một thử nghiệm về một "công nghệ mới" nhất định dựa trên hệ thống nhận dạng khuôn mặt đang được tiến hành ở đó. Trong khi đó, Conan và Đội thám tử nhí đến thăm Hachijo-jima theo lời mời của Sonoko và nhận được một cuộc điện thoại từ Subaru Okiya thông báo rằng một nhân viên Europol đã bị sát hại ở Đức bởi Jin của Tổ chức Áo đen. Conan lo lắng, lẻn vào cơ sở và phát hiện ra rằng một nữ kỹ sư đã bị Tổ chức Áo đen bắt cóc...! Hơn nữa, một ổ USB chứa một số thông tin nhất định mà cô ấy sở hữu lại lọt vào tay tổ chức... Một bóng đen cũng len lỏi vào Ai Haibara..
Truyền thuyết kể về Người chăn cừu, một vị cứu tinh sẽ mang lại hòa bình cho thế giới seraphim và loài người. Sorey đã dành cả cuộc đời để nghiên cứu những cuốn sách cổ và khám phá những tàn tích để tìm hiểu thêm về vị cứu tinh huyền thoại này. Khi anh và người bạn đồng hành seraphim của mình là Mikleo gặp một cô gái bí ẩn trong đống đổ nát, những câu chuyện về Người chăn cừu đã trở thành hiện thực của Sorey.