Địa điểm lần này được đặt ở vùng biển gần đảo Hachijo-jima, Tokyo. Các kỹ sư từ khắp nơi trên thế giới đã tập hợp để vận hành toàn diện "Phao Thái Bình Dương", một cơ sở ngoài khơi để kết nối các camera an ninh thuộc sở hữu của lực lượng cảnh sát trên toàn thế giới. Một thử nghiệm về một "công nghệ mới" nhất định dựa trên hệ thống nhận dạng khuôn mặt đang được tiến hành ở đó. Trong khi đó, Conan và Đội thám tử nhí đến thăm Hachijo-jima theo lời mời của Sonoko và nhận được một cuộc điện thoại từ Subaru Okiya thông báo rằng một nhân viên Europol đã bị sát hại ở Đức bởi Jin của Tổ chức Áo đen. Conan lo lắng, lẻn vào cơ sở và phát hiện ra rằng một nữ kỹ sư đã bị Tổ chức Áo đen bắt cóc...! Hơn nữa, một ổ USB chứa một số thông tin nhất định mà cô ấy sở hữu lại lọt vào tay tổ chức... Một bóng đen cũng len lỏi vào Ai Haibara..
Bộ phim lấy bối cảnh vào thời điểm Nhật Bản đang chuẩn bị cho sự kiện thế vận hội thể thao thế giới ở Tokyo, lúc này diễn ra hàng loạt vụ bắt cóc bí ẩn, đoàn tàu tuyến tính siêu ống chân không với tốc độ 1000km/h mới ra mắt trở thành hiện trường hoàn hảo để kẻ gian thực hiện vụ án, khiến cả FBI và gia đình Akai phải vào cuộc điều tra. Bộ phim sẽ xoay quanh gia đình Akai, đây là một gia đình vô cùng đặc biệt, gia đình này có một liên hệ mật thiết với tổ chức áo đen, nhóm người bí ẩn được điều hành bởi ông chủ giấu mặt, khi người mẹ bí ẩn Mary bị teo nhỏ giống như Conan và Haibara. Người con cả là Akai Shuichi được ví là Viên đạn bạc của tổ chức áo đen, nhưng trên thực tế anh là một đặc viên FBI nguỵ danh để trà trộn vào tổ chức áo đen. Người anh thứ hai là quán vương Haneda Shukichi, được gia đình giàu có là Haneda nhận nuôi. Và người em út là nữ thám tử trung học Sera Masumi. Cô bắt đầu điều tra các thông tin có liên quan tới việc mẹ mình bị teo nhỏ đã chuyển tới ngôi trường mà Ran đang theo học, để giải đáp những thắc mắc của cô về Shinichi.
Khi một người đàn ông nào đó được ra tù, anh ta biết chính xác mình sẽ đi đâu trước tiên. Sau khi yêu thích phiên bản truyện tranh truyền thống của một người kể chuyện có tên là "Shinigami", anh quyết tâm trở thành người học việc của mình. Người biểu diễn, Yakumo, chưa bao giờ nhận học việc trước đây, nhưng trước sự ngạc nhiên của mọi người, anh ta chấp nhận cựu tù nhân háo hức, đặt biệt danh cho anh ta là "Yotaro". Khi Yotaro vui vẻ bắt đầu cuộc sống mới của mình, anh gặp những người khác trong cuộc đời của Yakumo, bao gồm cả Konatsu, người được bảo trợ của Yakumo. Konatsu là con gái của một người kể chuyện nổi tiếng, và Yakumo đã nhận cô sau cái chết bi thảm của cha cô. Konatsu yêu thích cách kể chuyện của cha mình và muốn trở thành một nghệ sĩ biểu diễn theo đúng nghĩa của mình—nhưng con đường đó không dành cho phụ nữ.
Đoạn phim ngắn tập trung vào Chiến binh Thần từ Nausicaa của Thung lũng gió (1984). Vũ khí sinh học siêu năng lực trong bộ giáp gốm bắt đầu tấn công Tokyo, hủy diệt nền văn minh nhân loại.
Còn lại một mình trên đời, cậu bé mồ côi Asura phải học cách đấu tranh với quỷ dữ bên trong mình để tồn tại. Bộ phim ẩn chứa bài học về nghị lực sống của con người khi phải đối mặt với khó khăn...
Mardock Scramble: The First Compression là phim đầu tiên trong bộ ba phim do studio anime GoHands thực hiện. Một cô gái điếm trẻ tên là Rune Balot đã mất mạng trong một vụ nổ, nhưng lại được Dr. Easter cứu sống. Hồi sinh trong thân thể một cyborg hiện đại, Balot đối đầu với những tên tội phạm tồi tệ nhất thành phố Mardock để trả thù.
Sau các đợt tấn công không dứt của Angel, NERV quyết định tiếp nhận thêm hai phi công mới đến hỗ trợ cho chiến dịch là Asuka Langley Shikinami, một cô bé mạnh mẽ đầy cá tính, và Makinami Mari Illustrous, một nữ phi công bí ẩn từng lập chiến công tiêu diệt hài cốt tái sinh của Angel thứ ba, Shamshel. Cùng với sự hỗ trợ của Asuka, công cuộc chống chọi các Angel trở nên nhẹ nhàng hơn và Ikari Shinji cũng đã bắt đầu quen dần với cuộc sống và mở lòng với mọi người. Để rồi một biến cố kinh hoàng xảy đến...
Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống lại sự xâm lược của sinh vật khổng lồ "Angel". Chuyện bắt đầu vào năm 2015, khi thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là Adam, lúc này Ikari Shinji đến một thành phố và đã gặp một Angel đang phá hủy nó. Shinji đã được một cô gái trong tổ chức đưa xuống nơi đang chế tạo một robot có tên "Eva" để chiến đấu chống lại Angel...