Các Avengers tụ tập để ăn mừng chiến thắng mới nhất của họ, nhưng lễ kỷ niệm của họ nhanh chóng bị gián đoạn bởi sự biến mất bí ẩn của cha của Black Widow, Red Guardian. Khi các Avengers điều tra, họ phát hiện ra rằng Red Guardian không phải là người duy nhất mất tích khi họ gặp một kẻ thù mới nguy hiểm, không giống bất cứ thứ gì họ từng gặp trước đây.
Sự nghi ngờ tăng cao sau khi Batman, Batgirl, Robin và các siêu anh hùng khác của DC nhận được những lời mời bí ẩn. Tuy nhiên, các giá trị gia đình vẫn phải bền chặt khi Batman và nhóm của anh chạm trán với Red Hood phản diện, kẻ bị ám ảnh bởi việc tiêu diệt Bat-gia đình và toàn bộ Thành phố Gotham.
Thành phố Gotham bị tấn công bởi một đạo quan của những con thú hung tợn gồm he Penguin, Silverback, Cheetah, Killer Croc và Man-Bat, người Dơi tập hợp các siêu anh hùng khác như Red Robin, Nightwing, Green Arrow và The Flash để cùng giúp đỡ thành phố và diệt trừ bọn quái thú.
Phim Batman Beyond: Return Of The Joker nói về chuyện xảy ra sau khi Bruce Wayne đã già và giao vai trò Batman cho Terry McGinnis. Mọi chuyện vẫn yên ổn cho đến khi Joker xuất hiện trở lại và trẻ như mấy chục năm trước. Tại sao có thể như vậy? Tim Drake có liên quan gì đến chuyện này? và cuộc điều tra sẽ đi đến đâu, những bí mật nào sẽ được làm sáng tỏ?