Phim kể về Naoto Miura, một tên cuồng máy móc chính hiệu. Lúc nào cậu cũng mày mò máy móc và cơ khí. Không một ai biết rằng cậu có thể nghe và hiểu rõ máy móc như chính bản thân mình. Mọi người ở hành tình Clockwork đều coi Naoto Miura như là một kĩ sư máy móc. Hàng ngày, cậu ta để tâm trí vào các bánh răng và tay mày mò những động cơ cơ khí tinh vi. Nhưng không ai có thể hiểu tại sao cậu có thể nghe và cảm nhận được những bánh răng đang hoạt động, kể cả từ xa. Sau đó một ngày, một thiếu nữ đồng hồ rơi từ trên trời vào nhà cậu, báo trước sự kiện đó sẽ rung chuyển cả thế giới.
Đức bị chia thành Đông và Tây sau Thế chiến thứ hai, nơi công dân của một trong hai bên coi bên kia là kẻ thù. Tuy nhiên, giữa Chiến tranh Lạnh, Trái đất đã bị xâm chiếm bởi một dạng sống ngoài hành tinh đổ bộ lên Kashgar, Khu tự trị Duy Ngô Nhĩ Tân Cương, được gọi là "Beta". Giờ đây, mười năm sau lần tiếp xúc đầu tiên, Đông Đức, tên chính thức là Cộng hòa Dân chủ Đức, đã trở thành tiền tuyến.