After a long day, high schooler Shintaro Tokumitsu's plans for relaxing in his studio apartment take a turn when he discovers an angel on his balcony. The divine girl, Towa, reveals she's there to study humanity, and yet, despite his skepticism, he agrees to put her up. Prepare for the most heavenly and high jinks roommate experience of all time!
Chủ tịch Hội học sinh liên bang mất tích một cách bí ẩn. Vô số vấn đề đã bắt đầu nổi lên khắp Kivotos khi thiếu sự lãnh đạo của người đứng đầu. Để tránh thảm họa, Hội học sinh liên bang yêu cầu sự hỗ trợ từ Câu lạc bộ Điều tra Liên bang, hay còn gọi là Schale. Trên thực tế, Schale là câu lạc bộ mới nhất của thành phố và là câu lạc bộ cuối cùng được phê duyệt trước khi tổng thống mất tích. Để hoàn thành nhiệm vụ của mình, Schale dựa vào sự hướng dẫn của một Sensei, người có thể giúp họ giải quyết các sự cố xung quanh Kivotos. (Học sinh được yêu cầu mang theo vũ khí cá nhân và điện thoại thông minh! Hãy trải nghiệm những tình tiết hành động gay cấn, tình yêu và tình bạn mà Blue Archive The Animation mang lại)
Khi các bạn cùng lớp tổ chức lễ tốt nghiệp cấp hai, Mirai gặp rắc rối và chìm trong bóng tối. Nhưng trận chiến của anh ấy chỉ mới bắt đầu khi anh ấy nhận được sự cứu rỗi từ trên cao dưới hình dạng một thiên thần. Bây giờ Mirai phải đọ sức với 12 người được chọn khác trong một trận chiến mà người chiến thắng sẽ trở thành vị thần tiếp theo của thế giới. Mirai có một thiên thần trong góc của mình, nhưng anh ấy có thể cần phải trở thành ác quỷ để tồn tại.
Mio là một nữ sinh trung học lẳng lơ. Cô cùng người bạn thời thơ ấu Arata và người bạn thân nhất Madoka dành những ngày sau giờ học ở Ikebukuro để đi chơi. Một ngày nọ, Madoka nói với Mio rằng cô ấy yêu Arata, và Mio nhận ra rằng cô ấy cũng yêu Arata. Nhưng cô ấy sợ mối quan hệ của họ tan vỡ và dối trá, nói rằng cô ấy sẽ giúp họ. Mio cố tình tỏ ra lạnh lùng với Arata, và họ đánh nhau. Cô quyết định giải quyết mọi việc với Arata, nhưng lại gặp tai nạn xe hơi trên đường đến gặp anh. Cô thức dậy trong một thế giới bí ẩn. Đó là Ikebukuro mà cô ấy biết, nhưng có gì đó khác ...
Câu chuyện lấy bối cảnh ở tương lai nơi loài người và Z/X đã ký kết một hiệp ước và hướng tới một khoảnh khắc hòa bình. Azumi Kagamihara—một cô gái liên kết với Thế giới Xanh—được chọn cùng với Đối tác Z/X Rigel của mình để đăng ký vào Học viện Fujimisaki, một ngôi trường được thành lập để tập hợp các cô gái hợp tác với Z/X từ khắp Nhật Bản.